ত্রয়োদশ জাতীয় সংসদে লক্ষ্মীপুর-৩ (সদর উপজেলা) আসন থেকে নির্বাচিত সংসদ সদস্য ও বিএনপির যুগ্ম মহাসচিব শহীদ উদ্দিন চৌধুরী এ্যানি প্রথমবারের মতো মন্ত্রী হয়েছেন।

মঙ্গলবার (১৭ ফেব্রুয়ারি) বিকালে তারেক রহমানের নেতৃত্বাধীন বিএনপি সরকারের নতুন মন্ত্রিসভার সদস্য হিসেবে শপথ গ্রহণ করেন তিনি। জাতীয় সংসদের দক্ষিণ প্লাজায় এ শপথ পড়ান রাষ্ট্রপতি মো. সাহাবুদ্দিন।

১৯৮০ সালে রাষ্ট্রপতি জিয়াউর রহমান লক্ষ্মীপুরে মূসার খাল খনন কর্মসূচিতে এলে সেই কর্মসূচি পালনের মধ্য দিয়ে স্কুল জীবনেই এ্যানি চৌধুরী বাংলাদেশ জাতীয়তাবাদী ছাত্রদলের রাজনীতিতে সম্পৃক্ত হন। ১৯৮৩ সালে তিনি ঢাকা তেজগাঁও কলেজ ছাত্রদলের সদস্য হন। পরবর্তীতে তিনি সরকারি বিজ্ঞান কলেজ ঢাকায় ভর্তি হন এবং সেখানেও ছাত্রদলের রাজনীতির সঙ্গে সম্পৃক্ত ছিলেন। ১৯৮৫ সালে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের শহীদুল্লাহ হল ছাত্রদলের সদস্য নির্বাচিত হন। ১৯৮৭ সালে তিনি ছাত্রদলের সিনিয়র যুগ্ম আহ্বায়ক, ১৯৮৮ সালে সাধারণ সম্পাদক নির্বাচিত হন। ১৯৮৯ সালে তিনি জিয়াউর রহমান হল ছাত্র সংসদের জিএস নির্বাচিত হন।

১৯৯০ সালে তিনি সর্বোচ্চ ভোটে ডাকসুর সদস্য নির্বাচিত হন এবং ৩ বার ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের সিনেটে ডাকসুর ছাত্র প্রতিনিধি হিসেবে প্রতিনিধিত্ব করেন। পরবর্তীতে ১৯৯২ সালে তিনি ডাকসুর ভারপ্রাপ্ত ভিপি ও ভারপ্রাপ্ত সাহিত্য সম্পাদক হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৯২ সালে দল মনোনীত ডাকসুর জিএস পদে মনোনয়নপত্র দাখিল করেন (জগলু-এ্যানি পরিষদ)। ১৯৯৩ সালে দল মনোনীত ডাকসুর ভিপি পদে মনোনয়নপত্র দাখিল করেন (এ্যানি-সুজন পরিষদ)। ১৯৯২ সালে তিনি ছাত্রদল কেন্দ্রীয় সংসদের তথ্য ও গবেষণা বিষয়ক সম্পাদকের দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৯৩ সালে তিনি ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় ছাত্রদলের আহ্বায়ক ও ১৯৯৩-১৯৯৬ সাল পর্যন্ত যুগ্ম সাধারণ সম্পাদকের দায়িত্বপালন করেন।

১৯৯৬-১৯৯৮ সালে তিনি কেন্দ্রীয় ছাত্রদলের সভাপতির দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৯৯ সালে বিএনপির কেন্দ্রীয় নির্বাহী কমিটির সদস্য নির্বাচিত হন। ২০০১ সালের ১ অক্টোবর অষ্টম জাতীয় সংসদ নির্বাচনে প্রথমবারের মতো তিনি লক্ষ্মীপুর-৩ (সদর) আসন থেকে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন। এ সময় তিনি শিক্ষা মন্ত্রণালয় সম্পর্কিত স্থায়ী কমিটি এবং ত্রাণ ও দুর্যোগ ব্যবস্থাপনা মন্ত্রণালয় সম্পর্কিত স্থায়ী কমিটির সদস্য ছিলেন।

২০০৮ সালে নবম জাতীয় সংসদ নির্বাচনে বিএনপি মনোনীত প্রার্থী হিসেবে লক্ষ্মীপুর-৩ (সদর) থেকে দ্বিতীয়বারের মতো সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন। এ সময় তিনি বস্ত্র ও পাট মন্ত্রণালয় সম্পর্কিত স্থায়ী কমিটি এবং বিজ্ঞান ও তথ্য প্রযুক্তি মন্ত্রণালয় সম্পর্কিত স্থায়ী কমিটির সদস্য হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। ২০০৯ সালে তিনি বিএনপির কেন্দ্রীয় নির্বাহী কমিটির ছাত্রবিষয়ক সম্পাদক হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন।

২০১৬ সাল থেকে বিএনপির কেন্দ্রীয় কমিটির প্রচার সম্পাদকের দায়িত্ত্বের পাশাপাশি তিনি বর্তমানে বিএনপির ত্রাণ ও পুনর্বাসনকমিটির সমন্বয়ক, বিএনপি মিডিয়া সেলের সদস্য সচিব এবং লক্ষ্মীপুর জেলা বিএনপির আহ্বায়কের দায়িত্ব পালন করে আসছেন।

২০০১-২০০৮ সাল পর্যন্ত তিনি সর্বদলীয় সংসদীয় গ্রুপ (APPG) এর ভাইস চেয়ারম্যান নির্বাচিত হন। ২০১০ সালে তিনি এই দলের ভাইস চেয়ারম্যান হিসেবে নিউইয়র্কে জাতিসংঘ সভায় প্রতিনিধিত্ব করেন। ২০১৩ সালে বাংলাদেশ জাতীয় সংসদে বিরোধী দলীয় চিফ হুইপ (ভারপ্রাপ্ত) হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন।

২০২৬ সালের ত্রয়োদশ জাতীয় সংসদ নির্বাচনে তৃতীয়বারের মতো লক্ষ্মীপুর-৩ (সদর) আসন থেকে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হয়। শহীদ উদ্দীন চৌধুরী এ্যানি এবারের নির্বাচনে ভোট পেয়েছেন ১ লাখ ৩৩ হাজার ৭৬৫। এ আসনে তার নিকটতম প্রতিদ্বন্দ্বী জামায়াতের প্রার্থী মো. রেজাউল করিম পেয়েছেন ১ লাখ ১৭ হাজার ৭৯ ভোট।